اداره کتابخانه‌ها و اسناد پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی همزمان با انقلاب اسلامی ایران به شکوفایی رسید و در حال حاضر متشکل از سه مجموعه یعنی کتابخانه مرکزی، کتابخانه عمومی، و کتابخانه تخصصی قرآن است. در مجموعه این کتابخانه‌ها بیش از 140 هزار عنوان و بیش از 250 هزار جلد کتاب فارسی، عربی و انگلیسی موجود است. از جمله موضوعات تحت پوشش این کتابخانه‌ها می‌توان به فلسفه و کلام، فقه وحقوق، قرآن و تفسیر، تاریخ اسلام، تاریخ و تمدن، علوم اجتماعی، مهدویت و آینده پژوهی، اخلاق و معنویت، عرفان،علوم سیاسی و ... اشاره کرد. کتاب‌ها عمدتا از طریق خرید نمایشگاهی؛ خرید از ناشرین مختلف و نیز اهدا از سازمان‌ها و اشخاص مختلف تامین می‌گردد.
رده‌بندی موضوعی و چینش کتاب‌ها در کتابخانه بر اساس رده‌بندی کتابخانه کنگره (LCC) است که در 21 شاخه موضوعی تنظیم شده است. نرم افزار مورد استفاده جهت جستجوی منابع علمی در کتابخانه، نرم افزار سیمرغ می‌باشد و آدرس اینترنتی آن lib.dte.ir است.
این کتابخانه همچنین دارای حدود 800 عنوان پایان نامه قرآنی، 1300 نسخه خطی و نیز 2500 عنوان نشریات و مطبوعات صحافی شده در قالب 30 هزار جلد می‌باشد.
کتابخانه پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی عضو مکتا بوده و ارتباطات بین کتابخانه‌ای مفیدی با اعضای مجمع کتابخانه‌های تخصصی استان قم (مکتا) به خصوص در زمینه تبادل منابع علمی دارد.
اداره کتابخانه‌ها و اسناد پژوهشگاه از بخش‌های ذیل تشکیل شده است:
1. بخش مجموعه‌سازی و تامین منابع علمی. 2. بخش سازماندهی اطلاعات. 3. بخش اطلاع‌رسانی، امانات و تحویل مدرک. 4. سالن‌های مطالعه و کتاب‌های مرجع. 5. آرشیو مطبوعات و نشریات. 6. نسخه‌های خطی. سازماندهی، دسترس پذیر بودن منابع و اطلاعات علمی مورد نیاز پژوهشگران و دانشجویان جهت پیشبرد امر آموزش و پژوهش هدف اصلی کتابخانه مرکزی می‌باشد. وظایف کتابخانه مرکزی عبارت است از:
- گردآوری مواد کتابخانه‌ای اعم از چاپی، غیرچاپی و الکترونیکی
- انجام خدمات فنی (فهرست‌نویسی، سازماندهی و نمایه سازی) کلیه منابع کتابخانه
- بررسی کارشناسی از وضعیت کتابخانه‌های دانشکده‌ای
- برگزاری دوره‌های کوتاه مدت آموزش کتابداری و اطلاع‌رسانی
- راهنمایی و آموزش مراجعین در بازیابی و استفاده از منابع اطلاعاتی.
رعایت شعائر اسلامی و اصول اخلاقی در محیط کتابخانه الزامی است.
- کلیه اعضای هیات علمی، دانشجویان و کارکنان دانشگاه، اعضای کتابخانه مرکزی می‌باشند.
- به همراه داشتن کارت پرسنلی برای اعضای هیات علمی و کارکنان دانشگاه، و کارت دانشجویی برای کلیه دانشجویان الزامی است.
- تمدید، رزرو کتاب و ملاحظه وضعیت امانی هر عضو از طریق اینترنت امکان‌پذیر است. در صورت عدم دسترسی به اینترنت می‌توانید برای تمدید کتاب با تلفن‌های کتابخانه مرکزی تماس بگیرید.
- خروج کتاب‌های مرجع، نشریه و مواد الحاقی به آنها از بخش‌های مربوطه ممنوع است ولی امکان نسخه‌برداری از انها در کتابخانه وجود دارد.
- تصویر برداری از پایان‌نامه‌ها با هر گونه وسیله الکترونیکی، توسط مراجعین ممنوع می‌باشد.
میزان خدمات در این کتابخانه بر اساس مقطع تحصیلی دانشجویان و نوع استخدام به اشکال متفاوت و به شرح زیر است:
| مقطع تحصیلی | تعداد امانت | تعداد روز مجاز | تعداد رزرو | تعداد مطالعه در محل |
| کارشناسی | 2 | 15 | 1 | 3 |
| کارشناسی ارشد | 3 | 21 | 3 | 5 |
| دکتری | 5 | 30 | 5 | 7 |
| کارمندان | 3 | 30 | 3 | 1 |
| هیات علمی | 10 | 90 | 10 | - |